User Tools

Site Tools


ru:abckin:ui:cli:index

This is an old revision of the document!


CLI for ABC-Kinetics

Данная утилита командной строки предоставляет простой интерфейс к библиотеке ABC-Kinetics.

Утилита принимает задания на расчёты, эти задания берутся из XML размеченного файла (см. детальный XML-синтаксис). Задания состоят из определений схем (schema), вариантов параметров этих схем для расчёта кинетик (instance), самих расчётов кинетик, импорт экспериментальных данных и оптимизация параметров схем на их основе и т.д.

Элементы верхнего уровня

<schema>

В элементе schema задаётся описание процесса. Обязательный атрибут id тэга schema задаёт уникальный идентификатор схемы, по которому мы будем в дальнейшем на неё ссылаться. Дочерний элемент text содержит текст кинетической схемы. Содержимое элемента – это обычная текстовая информация, не имеющая xml-разметки (CDATA). Данный текст анализируется непосредственно кодом библиотеки libkin, его синтаксис детально описан в руководстве к ней.

Дочерние элементы parameter позволяют объявить дополнительные параметры схемы, не заявленные в кинетической схеме непосредственно, но необходимые для решения вычислительных задач (атрибут name). При этом может быть задано значение по-умолчанию для данного параметра (атрибут value). С помощью элемента init_value можно задать значения по умолчанию для начальных концентраций реагентов, заявленных в тексте схемы (но не объявить дополнительный реагент).

Пример:

<schema id="s₁">
  <title>схема 1</title>
  <text>
   A + B → C // k₁
  </text>
  <parameter name="Temp"/>
  <parameter name="k₁" value="1e9 * exp(-1e4/Temp)"/>
  <init_value name="B" value="1"/>
  <init_value name="C" value="0"/>
</schema>

<instance>

Элемент instance объявляет вариант реализации схемы (Schema Instance). Атрибут schema содержит ссылку на вышеописанную схему, id – идентифицирует создаваемый объект для дальнейшей работы с ним. Конкретной схеме могут соответствовать несколько вариантов1).

Пример:

<instance id="var₁" schema="s₁">
  <title>вариант 1</title>
  <parameter name="Temp" value="273"/>
  <init_value name="A" value="1"/>
</instance>

В этом варианте объявляется значения температуры процесса (параметр Temp) и начальной концентрации реагента A. Остальные значения наследуются из элемента schema (т.е. будут использоваться значения по-умолчанию).

<compute_kinetics>

Задание выполнить расчёт кинетики для указанного варианта var₁:

<compute_kinetics instance="var₁" output_target="res₁">
  <parameter name="end_time" value="2"/>
</compute_kinetics>

Параметр end_time задаёт временно́й интервал для вычислений.

Результаты расчёта сохраняются в некоторый объект (поименованный с помощью атрибута output_target). Этот объект может быть далее неоднократно использован для вывода результатов на экран, файл, и т.п. в виде таблицы с заданным форматом, шагом и т.д.

<display_result>

<optimize>


Sources/binaries

1)
это типичная ситуация при решении обратной кинетической задачи
ru/abckin/ui/cli/index.1791800654.txt.gz · Last modified: by abc