This is an old revision of the document!
Table of Contents
CLI for ABC-Kinetics
Утилита выполняет задания на расчёты. Задания берутся из XML размеченного файла (см. детальный XML-синтаксис).
Элементы верхнего уровня
schema
В элементе schema задаётся описание процесса. Обязательный атрибут id тэга schema задаёт уникальный идентификатор схемы, по которому мы будем в дальнейшем на неё ссылаться. Дочерний элемент text содержит текст кинетической схемы. Содержимое элемента – это обычная текстовая информация, не имеющая xml-разметки (CDATA). Данный текст анализируется непосредственно кодом библиотеки libkin, его синтаксис детально описан в руководстве к ней.
Дочерние элементы parameter позволяют объявить дополнительные параметры схемы, не заявленные в кинетической схеме непосредственно, но необходимые для решения вычислительных задач (атрибут name). При этом может быть задано значение по-умолчанию для данного параметра (атрибут value). С помощью элемента init_value можно задать значение по умолчанию для начальной концентрации реагентов, заявленных в тексте схемы (но не объявить дополнительный реагент).
Пример:
<schema id="s₁"> <title>Sample schema 1</title> <text> A → B // k₁ </text> <parameter name="T" value="0"/> <init_value name="B" value="0"/> <init_value name="C" value="0"/> </schema>
Задание состоит из определений схем (schema), вариантов параметров этих схем для расчёта кинетик (instance) и сам расчёт кинетик, импорт экспериментальных данных и оптимизация параметров схем на их основе и т.д.
This is a simple programm interface to the ABC-Kinetics library.
